Shaharning nomi Nukus to'qqiz raqami bilan bog'liq deb hisoblanadi va Nokis qabilasi nomidan kelib chiqqan. Afsonada aytilishicha, to'qqiz ayol Xorazm shah tomonidan bu kimsasiz hududga surgun qilingan va ularga turmushga chiqmaslik taqiqlangan. Ammo, shunga qaramay, taqiq buzildi va ayollar qabilani vujudga keltirdilar, keyinchalik bu joylarda joylashdilar. Mamlakat arablar tomonidan bosib olingan va Juchi mo'g'ul ulusiga tegishli bo'lgan. Mo'g'ul-Islomiy qarama-qarshilik paytida urushlarning og'irligi aynan shu hududga tushdi. Mizdaxon majmuasi hududida Nukusning noyob yodgorliklari — Mazlumxon-zulu yer osti maqbarasi, madrasa xarobalari va IX-xi asrlarga oid Yerejep-xalifa maqbarasi joylashgan. Ustyurt platosida olimlar buyuk Ipak yo'lida nuqta bo'lib xizmat qilgan karvonsaroylar va quduqlarning qoldiqlarini topmoqdalar.